Core Facility:
Core Facility Bioinformatics
Leitung:
Mag.rer.nat. Dr.techn., Dietmar Rieder
Kontakt / Buchung:
dietmar.rieder@i-med.ac.at
Tel: +43 512 9003 71402
Innrain 80, CCB 4. Stock, Zimmer M04.413
- Beratung bei der Planung des Versuchsdesigns und zur Datengewinnung, im speziellen zur Anzahl der notwendigen Proben, Sequenziermethode und Sequenzierparameter, und Möglichkeiten und Limitierungen der Datenanalyse (Nutzungstarif inkludiert)
- Datenanalyse (Standardtarife siehe unten)
- Erstellung von projektspezifischen Analysetools und Pipelines
- Selbstständige Benutzung der HPC Infrastruktur nach Einschulung, s. Tarife
Service
Abrechnungs-einheit / unit
Unit price/h (MUI intern)
Unit price (externe Nutzung)
RNA-sequencing (bulk):
transcript quantification, DEG analysis
transcript quantification, DEG analysis
Experiment (12 samples)
EUR 200.-
+EUR 10.- / additional sample
EUR 400.-
+EUR 15.- / additional sample
ChIP-Seq: peak calling and annotation
Experiment (12 samples)
EUR 250.-
+EUR 10.- / additional sample
EUR 500.-
+EUR 15.- / additional sample
Bisulfite sequencing: quantification/CpG, functional annotation
Experiment (12 samples)
EUR 250.-
+EUR 10.- / additional sample
EUR 500.-
+EUR 15.- / additional sample
ATAC-seq:peak calling and annotation
Experiment (12 samples)
EUR 250.-
+EUR 10.- / additional sample
EUR 500.-
+EUR 15.- / additional sample
Exome-sequencing (WES):
Variant calling and annotation
Variant calling and annotation
Experiment (12 samples)
EUR 300.-
+EUR 10.- / additional sample
EUR 600.-
+EUR 15.- / additional sample
NeoAntigen:
prediction, annotation, ranking
prediction, annotation, ranking
Experiment (12 samples)
EUR 350.-
+EUR 10.- / additional sample
EUR 700.-
+EUR 15.- / additional sample
scRNA-seq:
pre-processing
pre-processing
Experiment (12 samples)
EUR 200.-
+EUR 10.- / additional sample
EUR 400.-
+EUR 15.- / additional sample
Custom analysis on demand, consulting
Experiment
On rquest
EUR 100.-/ Stunde
HPC
Standort
Abrechnungs-einheit / unit
Unit price/h (MUI intern)
Unit price (externe Nutzung)
Daten Speicher
Rennweg 29a
200 GB / Monat
EUR 0.5-
EUR 10.-
User account
User/ Monat
EUR 20.-