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Core Facility:

Core Facility Bioinformatics

Leitung:

Mag.rer.nat. Dr.techn., Dietmar Rieder

Kontakt / Buchung:

dietmar.rieder@i-med.ac.at
Tel: +43 512 9003 71402

Innrain 80, CCB 4. Stock, Zimmer M04.413

  • Beratung bei der Planung des Versuchsdesigns und zur Datengewinnung, im speziellen zur Anzahl der notwendigen Proben, Sequenziermethode und Sequenzierparameter, und Möglichkeiten und Limitierungen der Datenanalyse (Nutzungstarif inkludiert)
  • Datenanalyse (Standardtarife siehe unten)
  • Erstellung von projektspezifischen Analysetools und Pipelines
  • Selbstständige Benutzung der HPC Infrastruktur nach Einschulung, s. Tarife
Service
Abrechnungs-einheit / unit
Unit price/h (MUI intern)
Unit price (externe Nutzung)
RNA-sequencing (bulk):
transcript quantification, DEG analysis
Experiment (12 samples)
EUR 200.-

+EUR 10.- / additional sample

EUR 400.-

+EUR 15.- / additional sample

ChIP-Seq: peak calling and annotation
Experiment (12 samples)
EUR 250.-

+EUR 10.- / additional sample

EUR 500.-

+EUR 15.- / additional sample

Bisulfite sequencing: quantification/CpG, functional annotation
Experiment (12 samples)
EUR 250.-

+EUR 10.- / additional sample

EUR 500.-

+EUR 15.- / additional sample

ATAC-seq:peak calling and annotation
Experiment (12 samples)
EUR 250.-

+EUR 10.- / additional sample

EUR 500.-

+EUR 15.- / additional sample

Exome-sequencing (WES):
Variant calling and annotation
Experiment (12 samples)
EUR 300.-

+EUR 10.- / additional sample

EUR 600.-

+EUR 15.- / additional sample

NeoAntigen:
prediction, annotation, ranking
Experiment (12 samples)
EUR 350.-

+EUR 10.- / additional sample

EUR 700.-

+EUR 15.- / additional sample

scRNA-seq:
pre-processing
Experiment (12 samples)
EUR 200.-

+EUR 10.- / additional sample

EUR 400.-

+EUR 15.- / additional sample

Custom analysis on demand, consulting
Experiment
On rquest
EUR 100.-/ Stunde
HPC
Standort
Abrechnungs-einheit / unit
Unit price/h (MUI intern)
Unit price (externe Nutzung)
Daten Speicher
Rennweg 29a
200 GB / Monat
EUR 0.5-
EUR 10.-
User account
 
User/ Monat
EUR 20.-
 

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