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Huygens
(Deconvolution Software)

Beschreibung

Huygens ist eine spezielle Software, um die Qualität und insbesondere die Auflösung von lichtmikroskopischen Fluoreszenzaufnahmen zu verbessern. Dies geschieht durch mathematische Modelle, die die durch den Abbildungsprozess hervorgerufene Verzerrung herausrechnen.

Anleitung

Wissenschaftliche Mitarbeiter:innen können Huygens mittels Softwareantrag an software@i-med.ac.at zur Nutzung erhalten. Die Software läuft zentral auf einem Serversystem.

Am Rechner des Benutzers müssen ein X-Server (z.B. VcXsrv für Windows oder QXuartz für MacOS) und ein sftp-Klient (z.B. WinSCP) installiert sein. Für Windows-Arbeitsplatzrechner wird die Installation der benötigten Programme nach Einlangen des Softwareantrages über die automatische Softwareverteilung vorgenommen. 

Mitarbeiter:innen oder Externe Benutzer:innen, die Ihren Arbeitspatz nicht in Gebäuden der MUI oder LFU haben (der PC also nicht im Netzwerk der MUI bzw. LFU hängt), müssen eine VPN Verbindung zur ihrer Institution herstellen, um mit der Software arbeiten zu können. Nehmen Sie dazu bitte Kontakt mit der IT-Abteilung Ihrer Einrichtung auf.

Beachten Sie:
Huygens kann sowohl interaktiv als auch per Batch ferngesteuert benutzt werden, um z.B. Nachtstunden für längere Berechnungen zu nutzen. Bitte beachten Sie, dass dieser Dienst nicht nur einem Benutzer bzw. einer Benutzerin zur Verfügung steht, sondern dass Ressourcen (vor allem Rechenleistung, GPU Processing/Rendering und Speicherplatz) gemeinsam genutzt werden. Darum müssen nicht mehr verwendete Daten ehestmöglich vom Server entfernt werden.
Renderings die über 14 Tage am Server liegen werden automatisch gelöscht!

Installation & Konfiguration von Huygens:
Um mit Huygens zu Arbeiten, benötigen Sie einen beliebigen X-Server, welcher die Ausgaben am Server auf Ihrem Bildschirm anzeigt (etwa Xming oder VcXsrv). Weiters benötigen Sie noch einen ssh-Klienten (dies entfällt bei VcXsrv), um am entfernten Rechner Programme starten zu können und einen scp-Klienten (zB. WinSCP), um Ihre Rohdaten zum Server zu transferieren.

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