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MUI Scientist to watch: Francesca Finotello

Um herausragende Wissenschafterinnen und Wissenschafter vor den Vorhang zu holen, hat die Medizinische Universität Innsbruck das Programm „MUI Scientist to watch“ etabliert. Damit haben ForscherInnen die Möglichkeit, alle drei Monate ihre jeweils beste Arbeit einzureichen und von einem unabhängigen Komitee bewerten zu lassen. Ein Portrait der erfolgreichen KandidatInnen und die Hintergründe ihrer Forschung lesen Sie in jedem Quartal auf myPoint.

In der vierten Ausschreibungsrunde des Programms MUI Scientist to watch wurden diesmal bei Punktegleichheit gleich zwei ForscherInnen ausgewählt: Eine der WissenschafterInnen, die auf Grund ihrer hervorragenden Leistungen in diesem Quartal in den Fokus rücken ist die 34jährige Bioinformatikerin Francesca Finotello.* Seit 2015 arbeitet sie unter der Leitung von Zlatko Trajanoski am Institut für Bioinformatik im Biozentrum der Medizinischen Universität Innsbruck.

Datensätze und binärische Codes sind das einzige was Laien auf dem Bildschirm an Francesca Finotellos Arbeitsplatz erkennen können. Dass hinter den vielen Zahlen und Wörtern die Zukunft der Krebstherapie und damit sehr viel Potential stecken, wird im Gespräch mit der ambitionierten Forscherin deutlich: Die Bioinformatikerin arbeitet mit daran, dass zukünftig mehr Menschen von einer Krebsimmuntherapie profitieren können. Die gebürtige Italienerin ist in der Nähe von Venedig aufgewachsen und Expertin für die bioinformatische Analyse von Next-Generation-Sequenzierungsdaten (NGS). Die Entwicklungen von Francesca Finotello tragen dazu bei, dass die Reaktion auf Immuntherapien gegen Krebs untersucht werden können. „Mich hat die Forschungsarbeit hier in Innsbruck gleich begeistert, denn für mich war das damals ein neues faszinierendes Feld und ich fand es aufregend, dass ich mit meiner bioinformatische Expertise einen wesentlichen Beitrag zur personalisierten Krebsimmuntherapie leisten kann“, sagt Finotello, die Bioengineering in Padua studiert hat und am dortigen Department  für „Information Engineering“ als Post-Doc gearbeitet hat, bevor sie in Innsbruck zunächst im EU-Projekt „APERIM – Advanced bioinformatics platform for personalized cancer immunotherapy“ tätig wurde.

Eigenes Hertha-Firnberg Projekt für Tumorimmunzell-Interaktionen in Lungenkrebs
Seit Februar 2017 leitet Finotello ihr eigenes Hertha-Firnberg Projekt des FWF. „Ziel dieser Forschungsarbeit ist die Entwicklung bioinformatischer Methoden für die Charakterisierung der Tumorimmunzell-Interaktionen in Lungenkrebs aus NGS-Daten. Wir haben gerade eine neue bioinformatische Methode zur Quantifizierung der verschiedenen Immunzelltypen, die Lungentumoren infiltrieren, aus RNA Sequenzierdaten entwickelt und validiert.“

Bioinformatische Tools für die Krebsimmuntherapie
Finotello kann bereits auf 24 Forschungsartikel und sechs bioinformatische Tools, an deren Entwicklung sie mitgewirkt hat, verweisen. Zu den von ihr entworfenen Tools gehört TIminer, ein Werkzeug für immungenomische Analysen und zur Vorhersage von Tumorneoantigenen. Dabei handelt es sich um kleine mutierte Peptide, die vom Immunsystem erkannt werden sind. Eine weitere Entwicklung nennt sich quanTIseq. Das ist eine neue bioinformatische Pipeline, die die verschiedenen Immunzelltypen in Tumor- oder Blutproben aus RNA Sequenzierdaten quantifiziert. Ein weiterer wichtiger Aspekt ihrer bisherigen zielstrebig verfolgten wissenschaftlichen Karriere war die Mitarbeit beim Aufbau der Datenbank TCIA (The Cancer Immunome, http://tcia.eu). „In dieser Datenbank werden die Ergebnisse der Datenanalyse von mehr als 8.000 Krebspatientinnen und Krebspatienten mit TIminer, quanTIseq und anderen Tools für die Krebsimmunologie der wissenschaftlichen Gemeinschaft öffentlich zugänglich gemacht“, sagt Finotello.

Begeisterung für ihr Fachgebiet wecken
Teamwork ist für Finotello ein zentraler Aspekt ihrer Arbeit, denn die Wissenschafterin setzt auf Kollaborationen und Zusammenarbeit mit den verschiedensten Fachrichtungen. Finotello hat auch bereits eigene Bioinformatische Workshops organisiert und nutzt jede Gelegenheit, Begeisterung für ihr Fachgebiet zu wecken. Ihren Karriereweg will sie zielstrebig weitergehen. Dabei darf allerdings auch die Freude an der Arbeit nicht zu kurz kommen, denn auch die Lage der Medizinischen Universität Innsbruck schätzt Finotello sehr. „Hier sind alle sehr naturverbunden und sportlich, das kommt mir auch entgegen.“ Die gebürtige Italienerin liebt Outdoor-Sport und fühlt sich nicht zuletzt auch deshalb in Innsbruck wohl.

* Der ebenfalls ausgezeichnete „MUI Scientist to watch“ Oliver Schmidt (Institut für Zellbiologie, Direktor: Lukas A. Huber) wird in einem Folgeartikel vorgestellt.

(B. Hoffmann-Ammann)

Weitere Informationen:

Programm MUI Scientist to watch

Institut für Bioinformatik

Publikationen:

Finotello F et al. Next generation computational tools for interrogating cancer immunity. Nature Reviews Genetics (in press).

Finotello F et al. Molecular and pharmacological modulators of the tumor immune contexture revealed by deconvolution of RNA-seq data. Genome Medicine, 2019, 11(1):34.

Charoentong P et al. Pan-cancer Immunogenomic Analyses Reveal Genotype-Immunophenotype Relationships and Predictors of Response to Checkpoint Blockade. Cell Reports, 2017, 18(1):248-262.

Hackl H et al. Computational genomics tools for dissecting tumour-immune cell interactions. Nature Reviews Genetics, 2016, 17(8):441-58.